Zajmuje się: diagnozowaniem i leczeniem zaburzeń strukturalnych narządu ruchu (stawów, mięśni, nerwów). Dzięki rozbudowanemu schematowi badania różnicującego, fizjoterapeuta jest w stanie za pomocą szczegółowego wywiadu i badania odnaleźć zaburzone struktury, stwierdzić stopień ich uszkodzenia oraz przeanalizować mechanizmy pojawienia się dolegliwości. Tym samym stawia hipotezę zaburzenia strukturalnego u pacjenta. System terapii manualnej wiąże się przede wszystkim z obszernym wywiadem i wnikliwym badaniem, co w przypadku odwracalnych zaburzeń narządu ruchu jest najistotniejsze.
Przyczyna dolegliwości leży często w dysproporcji pomiędzy możliwościami tkanki do przyjmowania obciążenia, a jej rzeczywistym obciążaniem. Leczenie polega na zniesieniu tej dysproporcji i przywracaniu fizjologicznej symbiozy pomiędzy stawami, mięśniami i strukturami nerwowymi. Jako leczenie stosowane są techniki: mobilizacji stawów, neuromobilizacje struktur nerwowych, leczenie tkanek miękkich (tj. mięśni, więzadeł, ścięgien), a także medyczny trening funkcjonalny z użyciem urządzeń treningowych dostosowanych do problemów pacjentów.